科研進(jìn)展

科學(xué)家構(gòu)建人體免疫發(fā)育細(xì)胞圖譜

日期: 2023-09-13

|  來(lái)源: 深圳先進(jìn)技術(shù)研究院 【字號(hào):

巨噬細(xì)胞是免疫系統(tǒng)中不可或缺的組成部分,廣泛分布在不同組織中,并在發(fā)育、器官形成、穩(wěn)態(tài)維持和疾病發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮關(guān)鍵作用。巨噬細(xì)胞異質(zhì)性顯著,主要表現(xiàn)在形態(tài)、定位、基因表達(dá)譜及功能等方面,這些表型由巨噬細(xì)胞的發(fā)育起源和駐留的微環(huán)境決定。具有組織特異性特征的巨噬細(xì)胞包括中樞神經(jīng)系統(tǒng)的小膠質(zhì)細(xì)胞(Microglia)、肝臟的枯否細(xì)胞(Kupffer cells)和表皮的朗格漢斯細(xì)胞(Langerhans cells)等。另有一些分布于多個(gè)器官的巨噬細(xì)胞,如血管周圍巨噬細(xì)胞(Perivascular macrophages)?;趪X類動(dòng)物的研究成果,學(xué)術(shù)界對(duì)巨噬細(xì)胞亞型的多樣性、發(fā)育起源以及組織特異性的形成有了一定認(rèn)識(shí)。然而,這些發(fā)現(xiàn)是否適用于人類仍然未知,特別是人類胚胎發(fā)育過(guò)程中巨噬細(xì)胞的多樣性、發(fā)育起源、功能及成熟的動(dòng)態(tài)過(guò)程等問(wèn)題缺乏深入而全面的研究。?

9月12日,中國(guó)科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院李漢杰課題組聯(lián)合深圳市寶安區(qū)婦幼保健院、深圳大學(xué)、上海交通大學(xué)和復(fù)旦大學(xué)等,在《細(xì)胞》(Cell)上,發(fā)表了題為An immune cell atlas reveals the dynamics of human macrophage specification during prenatal development的研究文章。該團(tuán)隊(duì)結(jié)合單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、先進(jìn)的生物信息學(xué)手段、多重免疫熒光染色、體外功能實(shí)驗(yàn)等技術(shù),構(gòu)建了橫跨18個(gè)發(fā)育階段、19種組織的人類胚胎免疫系統(tǒng)發(fā)育高分辨率圖譜。該研究重點(diǎn)關(guān)注最具組織特異性的巨噬細(xì)胞,鑒定了15種巨噬細(xì)胞亞型。其中,包括兩種新的巨噬細(xì)胞亞型,即存在于表皮、睪丸、心臟等外周組織的類小膠質(zhì)細(xì)胞(Microglia-like cells)和具有血管生成促進(jìn)功能并廣泛分布于多個(gè)組織中的促血管生成巨噬細(xì)胞(Proangiogenic macrophages, PraM)。該研究通過(guò)構(gòu)建人類產(chǎn)前免疫細(xì)胞發(fā)育的時(shí)空動(dòng)態(tài)圖譜,揭示了多種巨噬細(xì)胞亞型在發(fā)育過(guò)程中的分化起源、空間定位、功能特征及轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制。?

該研究對(duì)來(lái)自受孕后4-26 PCW(Postconceptional Week,PCW)囊括19種人類胚胎組織樣本的免疫細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,獲得了近30萬(wàn)個(gè)高質(zhì)量的免疫細(xì)胞(圖1),并鑒定了11種主要的免疫細(xì)胞類型,包括巨噬細(xì)胞(Macrophages)、祖細(xì)胞(Progenitor cells)、B 淋巴細(xì)胞、T 淋巴細(xì)胞、先天淋巴細(xì)胞(Innate-like lymphocytes)、自然殺傷細(xì)胞(Natural killer cells)、樹(shù)突狀細(xì)胞(Dendritic cells)、單核細(xì)胞(Monocytes)、巨核細(xì)胞(Megakaryocytes)、粒細(xì)胞(Granulocytes)和紅細(xì)胞(Erythrocytes)。在此基礎(chǔ)之上,研究對(duì)每一種主要的免疫細(xì)胞類型進(jìn)行了更細(xì)致的分類,最終注釋得到56種免疫細(xì)胞亞型。?

科研人員重點(diǎn)對(duì)巨噬細(xì)胞開(kāi)展研究并將其進(jìn)一步細(xì)分為15個(gè)亞群。通過(guò)時(shí)空分析,研究發(fā)現(xiàn)在人類胚胎發(fā)育時(shí)期,巨噬細(xì)胞便已具有顯著的組織特異性。在4 PCW左右(器官初形成階段),巨噬細(xì)胞前體已出現(xiàn)在胚胎以及卵黃囊中并一直持續(xù)到大概8 PCW,直到被成熟的組織駐留巨噬細(xì)胞所替代。在這些巨噬細(xì)胞中,一部分亞型具有顯著的組織特異性特征,如中樞神經(jīng)系統(tǒng)中的小膠質(zhì)細(xì)胞、肝臟中的枯否細(xì)胞、表皮中的朗格漢斯細(xì)胞等。而另一部分亞型共享于多個(gè)組織中,如促血管生成巨噬細(xì)胞以及其前體細(xì)胞(pre-Proangiogenic macrophages, pre-PraM)。研究還發(fā)現(xiàn),腎上腺中有一群特有的組織駐留巨噬細(xì)胞(AXL+、FCGR3A+),睪丸中也存在一群特有的組織駐留巨噬細(xì)胞(MMP9+)和一群具有破骨細(xì)胞特征的巨噬細(xì)胞(ACP9+、SIGLEC15+、MMP9+)。?

本研究首次在胚胎多個(gè)外周組織(皮膚、心臟及睪丸)中鑒定出一群與小膠質(zhì)細(xì)胞有相似基因表達(dá)譜特征的巨噬細(xì)胞。這一發(fā)現(xiàn)打破了小膠質(zhì)細(xì)胞只存在于腦及脊髓中的傳統(tǒng)認(rèn)知。這群細(xì)胞高表達(dá)P2RY12TMEM119、SALL1C3等與小膠質(zhì)細(xì)胞相同的特征基因,在無(wú)監(jiān)督聚類分析中,這群細(xì)胞和腦、脊髓中的小膠質(zhì)細(xì)胞聚為一類。因此,研究將這群新發(fā)現(xiàn)的分布在多個(gè)外周組織的細(xì)胞命名為類小膠質(zhì)細(xì)胞(Microglia-like cells)。流式分析進(jìn)一步驗(yàn)證了這群外周組織中的類小膠質(zhì)細(xì)胞與中樞神經(jīng)系統(tǒng)中的小膠質(zhì)細(xì)胞一樣,均呈現(xiàn)CD45lowP2RY12+MRC1-的表型。此外,研究基于多重免疫熒光實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),類小膠質(zhì)細(xì)胞在Carnegie Stages 12(CS12)時(shí)期已出現(xiàn)在表皮組織中。在14 PCW之前,類小膠質(zhì)細(xì)胞一直是表皮中最主要的免疫細(xì)胞,此后細(xì)胞比例才開(kāi)始逐漸減少,在20 PCW之后,基本被朗格漢斯細(xì)胞替代。在胚胎心臟中,類小膠質(zhì)細(xì)胞最早出現(xiàn)在CS13的主動(dòng)脈(aorta)中,并在26 PCW之前一直是主動(dòng)脈中最主要的免疫細(xì)胞。而成人主動(dòng)脈組織中則檢測(cè)不到這群類小膠質(zhì)細(xì)胞。在胚胎睪丸中,類小膠質(zhì)細(xì)胞最早能夠在CS14的時(shí)候被檢測(cè)到,主要存在于附睪(epididymis)中的輸出小管(efferent duct)周圍,而在睪丸實(shí)質(zhì)(parenchyma)中比例則較低。??

研究顯示,表皮和中樞神經(jīng)系統(tǒng)均起源于外胚層,而主動(dòng)脈和附睪則起源于主動(dòng)脈-性腺-中腎(aorta-gonad-mesonephro,AGM)區(qū)域。研究推測(cè),小膠質(zhì)細(xì)胞以及類小膠質(zhì)細(xì)胞的前體從卵黃囊遷移到外胚層和AGM區(qū)域,而后在這兩個(gè)區(qū)域獨(dú)立分化為小膠質(zhì)細(xì)胞或類小膠質(zhì)細(xì)胞。?

由于類小膠質(zhì)細(xì)胞在表皮中最為豐富,該團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步研究了它們?cè)诒砥そM織中的功能。研究發(fā)現(xiàn),與四肢和腹部皮膚相比,類小膠質(zhì)細(xì)胞在背部和頭部表皮中比例更高。在9 PCW時(shí),背部表皮中幾乎所有的免疫細(xì)胞均是類小膠質(zhì)細(xì)胞,而四肢表皮中約60%的免疫細(xì)胞是類小膠質(zhì)細(xì)胞。進(jìn)一步定量分析表明,在胚胎發(fā)育不同階段,背部表皮的類小膠質(zhì)細(xì)胞都比四肢表皮更多,分布更密集。??

類小膠質(zhì)細(xì)胞在表皮中的極化分布模式與神經(jīng)嵴細(xì)胞(neural crest cells,NCCs)的背外側(cè)遷移路線(dorsolateral migration)有類似之處,因而研究推測(cè)表皮的類小膠質(zhì)細(xì)胞與NCCs之間可能存在某種互作。NCCs是外胚層衍生的多能干細(xì)胞,背外側(cè)遷移時(shí)可分化為黑色素細(xì)胞(melanocytes)。研究通過(guò)多重免疫熒光實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),表皮中的類小膠質(zhì)細(xì)胞和NCCs之間存在直接的相互作用。與之一致的是,該團(tuán)隊(duì)觀察到類小膠質(zhì)細(xì)胞和黑色素母細(xì)胞(melanoblasts)的密度在不同發(fā)育階段沿表皮的背-側(cè)-腹軸(dorsal-lateral-ventral axis)逐漸降低。? ?

為了評(píng)估類小膠質(zhì)細(xì)胞對(duì)神經(jīng)嵴細(xì)胞分化的影響,該研究體外培養(yǎng)了來(lái)源于胚胎背部的新鮮皮膚組織塊。在胚胎皮膚中清除類小膠質(zhì)細(xì)胞顯著減少了黑色素母細(xì)胞的數(shù)量,這提示類小膠質(zhì)細(xì)胞可能會(huì)調(diào)控神經(jīng)嵴細(xì)胞向黑色素細(xì)胞的分化。??

該研究在多個(gè)臟器中都鑒定到一群高表達(dá)促血管生成基因(VEGFA、TNF、IL1B、CXCL8/IL8)的巨噬細(xì)胞。同時(shí),這群細(xì)胞在不同組織中均具有相似的基因表達(dá)譜。體外成管實(shí)驗(yàn)也證實(shí)了這群細(xì)胞促血管生成的功能。進(jìn)一步,分析發(fā)現(xiàn),這群細(xì)胞在各個(gè)臟器中均富集在血管周圍。??

研究進(jìn)一步分析了這群促血管生成巨噬細(xì)胞的發(fā)育起源??蒲腥藛T通過(guò)多種擬時(shí)序分析算法推斷這群細(xì)胞是從卵黃囊起源的巨噬細(xì)胞前體分化而來(lái),且中間經(jīng)歷了一個(gè)相對(duì)不成熟的前體狀態(tài)(pre-PraM)。擬時(shí)序分析推算出的分化軌跡與細(xì)胞的真實(shí)采樣時(shí)間高度一致,且其促血管生成信號(hào)也在隨之增強(qiáng)。此外,研究團(tuán)隊(duì)采用成管的內(nèi)皮細(xì)胞上清液培養(yǎng)來(lái)源于卵黃囊的早期巨噬細(xì)胞前體,發(fā)現(xiàn)可以誘導(dǎo)出表達(dá)促血管生成基因的巨噬細(xì)胞。上述成果明確了這群促血管生成巨噬細(xì)胞的發(fā)育起源。??

總而言之,該研究通過(guò)對(duì)人類產(chǎn)前階段近30萬(wàn)個(gè)免疫細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析,著重描繪了15種巨噬細(xì)胞亞型的時(shí)空動(dòng)態(tài)變化。該研究突破性的發(fā)現(xiàn)了一群在轉(zhuǎn)錄組、特征蛋白表達(dá)和形態(tài)上與中樞神經(jīng)系統(tǒng)中的小膠質(zhì)細(xì)胞類似且存在于皮膚、睪丸和心臟中的類小膠質(zhì)細(xì)胞。它們是早期表皮中的主要免疫細(xì)胞群,沿背-側(cè)-腹軸呈極化分布。這群類小膠質(zhì)細(xì)胞可以與神經(jīng)嵴細(xì)胞相互作用,并調(diào)節(jié)其向黑色素細(xì)胞的分化。通過(guò)功能、空間特征、分化軌跡的研究,科研團(tuán)隊(duì)細(xì)致解析了一種尚未被充分了解的促血管生成巨噬細(xì)胞(它們駐留在多個(gè)器官的血管周圍)。這些促血管生成巨噬細(xì)胞與小膠質(zhì)細(xì)胞均從起源于卵黃囊的巨噬細(xì)胞前體分化而來(lái)(圖2)。該成果為探討人類巨噬細(xì)胞的異質(zhì)性和發(fā)育提供了高分辨率的時(shí)空動(dòng)態(tài)圖譜,有助于剖析其在發(fā)育過(guò)程中的不同作用。此外,該團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了專門的可視化平臺(tái)(http://119.8.233.169/),方便共享數(shù)據(jù),促進(jìn)研究成果的共同探索和領(lǐng)域發(fā)展。??

論文鏈接

圖1.?構(gòu)建人類免疫系統(tǒng)發(fā)育時(shí)空?qǐng)D譜

圖2.?巨噬細(xì)胞前體分化為小膠質(zhì)細(xì)胞/類小膠質(zhì)細(xì)胞和促血管生成巨噬細(xì)胞;類小膠質(zhì)細(xì)胞在表皮與神經(jīng)嵴細(xì)胞互作,并調(diào)控其分化

圖3.?孫悟空猴毛變出多種猴子的情節(jié)寓意卵黃囊來(lái)源的巨噬細(xì)胞前體向不同細(xì)胞亞群的分化

附件: